Την εντονότατη ανησυχία στον κλάδο της ναυτιλίας προκάλεσε το αίτημα της Ευρωπαϊκής Επιτροπής προς την Ελλάδα, να επανεξετάσει εντός δύο μηνών ποια πλοία είναι επιλέξιμα για υπαγωγή στο ελληνικό ευνοϊκό φορολογικό σύστημα βάσει χωρητικότητας, ενώ ζητεί παράλληλα να εξαιρεθούν από αυτό το προτιμησιακό καθεστώς, τα αλιευτικά σκάφη, τα ρυμουλκά και τα γιοτ άνευ πληρώματος και να υπόκεινται στο μέλλον σε γενικό φόρο εισοδήματος.
Εκπρόσωποι των συγκεκριμένων κλάδων εξέφρασαν τον προβληματισμό τους για το θέμα και με το τι πρόκειται να συμφωνήσουν τα αρμόδια υπουργεία Ναυτιλίας και Οικονομικών, αλλά και τι πρόκειται να συμβεί σε ένα τέτοιο ενδεχόμενο. Σημειώνεται ότι τα ρυμουλκά, τα γιοτ άνευ πληρώματος και τα αλιευτικά πάνω από 10 κόρους, φορολογούνται βάσει χωρητικότητας, ενώ υπάγονται στον ειδικό νόμο 27/1975 και τα κέρδη τους απαλλάσσονται, σύμφωνα με τη διάταξη του άρθρου 6 του Κώδικα Φορολογικών Στοιχείων, εκτός βέβαια του ειδικού φόρου που προβλέπει ο πιο πάνω νόμος.
Η ίδια απαλλαγή από το φόρο εισοδήματος προβλέπεται επίσης για τους μετόχους η εταίρους των εταιρειών αυτών, για το εισόδημα που αποκτούσαν με μορφή διανομής, κερδών ή μερίσματος. Επίσης εταιρείες που ασχολούνται με ναυλώσεις πλοίων ή μεσιτείες, είχαν συντελεστή φορολόγησης ανάλογα το συνάλλαγμα. Τώρα η ΕΕ ζητά για όλα αυτά τη φορολόγηση των κερδών. Την εξαίρεση από την προτιμησιακή φορολογική μεταχείριση ζητά η ΕΕ και για τους ασφαλιστικούς διαμεσολαβητές. Όπως αναφέρει σε σχετική της ανακοίνωση η ΕΕ, τα αιτήματά της δεν αφορούν τις δραστηριότητες της ναυτιλίας από την εκμετάλλευση φορτηγών πλοίων και δεξαμενόπλοιων.
