Ο Θοδωρής Ζαγοράκης αντιμετωπίζει νέα προβλήματα μετά τη δίωξη που άσκησε προς το πρόσωπό του το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών Θεσσαλονίκης το οποίο παραπέμπει αυτόν και τον Ηλία Βολίδη στο Τριμελές Εφετείο για «κακουργηματική απιστία» και «υπεξαίρεση» κατά την κοινή τους θητεία στην ΠΑΕ ΠΑΟΚ.
Σύμφωνα με την έκθεση ορκωτών λογιστών αλλά και την έρευνα του ΣΔΟΕ, έγινε γνωστό πως στον Ζαγοράκη καταλογίζεται το ποσό των 320,000, το οποίο όφειλε να επιστρέψει στα ταμεία της ΠΑΕ όμως με απόφαση του ΔΣ το 2012, δόθηκε σε αυτόν ως αναδρομική αμοιβή για το διάστημα, στο οποίο ο ίδιος είχε τον τίτλο του διευθύνοντα συμβούλου και έτσι απαλλάχθηκε από την υποχρέωση επιστροφής του.
Όσο για τον Ηλία Βολίδη, ο οποίος την ίδια περίοδο αποτελούσε τον αντιπρόεδρο του ΠΑΟΚ, καταλογίζεται το ποσό των 753,000 ευρώ, το οποίο επέστρεφε στους λογαριασμούς του από επιταγές, τις οποίες μεταβίβαζε σε πιστωτές της η ΠΑΕ, χωρίς φυσικά στη συνέχεια να καλύπτονται οι αυτοί με αποτέλεσμα να ζημιώνεται η ομάδα.
Ο Θόδωρος Ζαγοράκης, με επίσημη δήλωσή του, υποστήριξε πως είναι στη διάθεση της δικαιοσύνης για να απολογηθεί και να αποδείξει την αθωότητά του, ενώ τονίζει πως θα ζητήσει ο ίδιος από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο να γίνει άρση της ασυλίας του. «Με αφορμή δημοσιεύματα που αφορούν στην πορεία της δικαστικής διερεύνησης της υπόθεσης των οικονομικών της ΠΑΕ ΠΑΟΚ, κατά τη διάρκεια της θητείας μου ως πρόεδρος της, θα ήθελα να αποσαφηνίσω τα έξης:Αμέσως μόλις αποσταλεί σχετικό αίτημα άρσης της ασυλίας μου στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, θα ζητήσω ο ίδιος από τους βουλευτές του Ε.Κ, την άρση της ασυλίας μου, προκειμένου να διευκολύνω την Ελληνική Δικαιοσύνη στην πλήρη διαλεύκανση της υπόθεσης. Έχω απόλυτη εμπιστοσύνη στην Ελληνική Δικαιοσύνη και έθεσα από την πρώτη στιγμή τον εαυτό μου στη διάθεσή της, βέβαιος για την αθωότητα μου».
