Ο Γιάννης Καβαρατζής γεννήθηκε στο χωριό Λευκίμη Σουφλίου το 1940, έζησε στην Αλεξανδρούπολη και την Κομοτηνή και σπούδασε Ιατρική στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.
Εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής στον Νομό Έβρου το 1974, με το ψηφοδέλτιο της Ν.Δ., ενώ εκλέχθηκε βουλευτής στο νομό Έβρου συνολικά 6 φορές. Όμως τις τρεις από αυτές έχασε την εκλογή του λόγω ενστάσεων εξαιτίας κωλυμάτων εκλογιμότητας είτε ως Διοικητής Νοσοκομείων, είτε Υποδιοικητής στο ΙΚΑ.
Το 1993 αντικατέστησε τον παραιτηθέντα από τη Ν.Δ. Άκη Γεροντόπουλο ως πρώτος επιλαχών.
Ήταν παντρεμένος και είχε τρεις γιους.
Η εξόδιος ακολουθία του θα τελεστεί το Σάββατο 1 Νοεμβρίου στο χωριό του στον Ιερό Ναό Γενεσίου της Θεοτόκου στη Λευκίμμη ώρα 12:00.
Με μια συγκινητική ανάρτηση αποχαιρέτησε ο βουλευτής Έβρου της Νέας Δημοκρατίας, Σταύρος Κελέτσης, τον πρώην βουλευτή και ιατρό Γιάννη Καβαρατζή:
«Καλό ταξίδι κυρ Γιάννη… Σ’ ευχαριστούμε για το ήθος και την ευπρέπεια στην πολιτική που μας δίδαξες! » ανέφερε στην ανάρτησή του.
